Bien que Gambierdiscus soit considéré comme l’agent causal princeps de la ciguatéra, des études récentes ont montré que certaines familles de cyanobactéries marines pouvaient également contribuer au syndrome de type ciguatéra.

  Le polymorphisme des symptômes et la complexité de la ciguatéra au sens large seraient liés, en partie, à cette diversité d'organismes producteurs de toxines. De même, les poissons des récifs coralliens ont longtemps été considérés comme seuls vecteurs de ciguatoxines mais certains invertébrés marins tels que les bénitiers, les oursins et les gastropodes (coquillages), sont également susceptibles d’être impliqués dans des formes atypiques de ciguatéra.

Les symptômes de ces empoisonnements par invertébrés marins incluent les symptômes caractéristiques de la ciguatéra (voir chapitre symptômes ) mais également des symptômes additionnels plus graves et d'apparition plus rapide tels que des sensations de brûlures à la bouche et à la gorge quasi-immédiates, un goût métallique prononcé, s'accompagnant parfois de paralysies sévères. L'hypothèse d'une nouvelle voie de contamination imputable aux cyanobactéries et non aux dinoflagellés classiquement responsables de la ciguatéra, et impliquant des mollusques bivalves filtreurs, a alors été proposée. Ce nouveau phénomène a reçu la dénomination de « Ciguatera Shellfish Poisoning »  (CSP).